Сортировка (УПОРЯДОЧИТЬ ПО)

Общий вариант

ТаблицаЗначений = СхЗапрос.НовыйЗапрос("Справочник.Номенклатура")
    .Выбрать("Ссылка, ЭтоГруппа")
    .Упорядочить("ЭтоГруппа, Наименование")
    .ВТаблицуЗначений();

С указанием направления

ТаблицаЗначений = СхЗапрос.НовыйЗапрос("Справочник.Номенклатура")
    .Выбрать("Ссылка, ЭтоГруппа")
    .Упорядочить("ЭтоГруппа УБЫВ, Наименование")
    .ВТаблицуЗначений();

к сведению

Варианты сортировки с учетом иерархии находятся в разработке